1999年9月30日，中国科学院党组决定将中国科学院地理研究所（1940年成立）与自然资源综合考察委员会（1956年成立）整合，组建中国科学院地理科学与资源研究所，并纳入创新工程试点。1999年12月30日，院党组正式宣布了对新所首届领导班子的任命。

经过所领导班子和全所职工的共同努力，克服了两所整合时间紧迫带来的各种困难，取得了知识创新工程试点工作的重大进展。2000年底，我所圆满完成了一期知识创新工程试点的主要任务，实现了“最后进入，按点完成”的跨越式前进目标。2001年7月，经中国科学院院长办公会议审批同意，我所知识创新工程试点工作从启动阶段转入全面推进阶段。

2008年，我所确立了“2大长期科学推动计划、8大国家重大项目推动计划、7个重点学科领域”的学科发展格局。两大长期科学推动计划为“陆地表层系统关键过程与多要素相互作用机理”和“人地关系地域系统与区域可持续发展”。8大国家重大项目推动计划为：过去2000年中国气候变化区域差异及人类弹性适应气候变化研究；中国自然区域格局变化及其对资源环境的影响机理和生态修复机制；地域功能区划与城乡区域发展研究；中国可运输资源消耗时空格局及其动力学机制研究；基于地理格网的时空地学过程模拟系统；气候变化对中国重点区域水资源影响及适应性对策研究；中国陆地生态系统固碳潜力与增汇机制；农业可持续发展的政策和制度保障体系研究。7个重点学科领域为：自然地理与全球变化研究；人地系统与区域发展研究；自然资源研究；地球信息机理与系统模拟；陆地水循环与水资源安全研究；生态系统综合研究；农业政策研究。 　　

根据学科布局，所科研组织体系由自然地理与全球变化研究部、人文地理与区域发展研究部、自然资源与环境安全研究部、资源与环境信息系统国家重点实验室、陆地水循环及地表过程重点实验室、生态系统研究网络观测与模拟重点实验室、农业政策研究中心“三个研究部、三个重点实验室和一个研究中心”构成，在其体系内组建有26个学科团队（研究室、中心、站）。

2008年，全所承担在研项目共639项。新争取项目297项，其中主持国家科技支撑计划项目1项、科技支撑计划课题5项；科技基础性工作专项项目3项、课题4项；863重点项目1项；973课题3项；科技重大专项2项；农业科技成果转化资金项目1项；国家自然科学基金重点项目3项、面上项目36项、国家杰出青年基金项目1项；中科院重大项目2项、方向性项目4项、其他项目5项；科技部国际合作项目2项，经费在100万以上的其他国际合作项目5项。另有一批部门、地方及国际合作项目等。

2008年，在国内外发表论文近800篇，其中SCI和SSCI刊物收录论文194篇、EI及ISTP论文73篇；出版科研专著33部；申请国家专利16项，获得国家专利授权2项；完成22项软件登记。参加完成的“北太平洋鱿鱼资源开发利用及其渔情信息应用服务系统”科研成果获国家科技进步奖二等奖，另获得省部级科技进步奖7项。

2008年，我所积极为国家宏观决策提供咨询建议，在面向国家需求的应用研究与社会公益研究取得了重要的研究成果。《关于应对环境危机、保障国民健康与生存的报告》、《汶川地震极重灾区耕地损毁评估与受灾农村人口转产或迁移建议》抗震救灾系列建议、《关于2008年中国洪涝灾害的风险分析与对策建议》、《关于我国农业科研体系发展与改革的政策评估与建议》等30份报告得到党和国家领导人重要批示或被中办、国办刊物采用。

我所国际科技交流与合作持续发展，全年派出303人次，接待外宾401人次，主办召开11个国际会议，举办23场国际学术讲座和2个国际培训班；新争取21个国际合作研究项目、8个国际会议或活动资助项目，与德国、日本、俄罗斯等国研究机构或大学新签署6个合作协议。继续开展中外联合机构的建设工作，与美国佛蒙特大学共同设立了中美生态系统服务研究中心。一批科学家活跃在国际学术舞台，王五一研究员新当选国际地理联合会健康与环境专业委员会主席，刘闯研究员荣获2008年度CODATA（国际科学技术数据委员会）奖。经中科院推荐，我所客座研究员、一直致力于中国农业和农村发展问题研究的美国斯坦福大学国际研究所教授Scott Douglas Rozelle荣获2008年度“中华人民共和国友谊奖”和“中华人民共和国国际科技合作奖”。　　

　　（2009年9月）